Demi menjamin standar kualitas pendidikan dan manajemen yang akuntabel, berikut adalah uraian fungsi dari masing-masing jajaran pengurus di lingkungan MDT Nurul Ainy :
| Jabatan | Fungsi Pengurus |
| Pengawas | Bertanggung jawab dalam melakukan supervisi dan evaluasi berkala terhadap seluruh kebijakan yayasan. |
| Pembina | Memberikan arahan strategis dan nasihat terkait pengembangan nilai-nilai keagamaan di yayasan. |
| Ketua Yayasan | Memimpin jalannya organisasi secara keseluruhan dan mengoordinasi seluruh unit pendidikan. |
| Sekretaris | Mengelola administrasi pusat, dokumentasi surat-menyurat, dan pengarsipan data santri serta pengurus. |
| Bendahara | Mengatur sirkulasi keuangan, pembiayaan sarana prasarana, dan transparansi laporan anggaran. |
| Kepala MDT Nurul Ainy | Bertanggung jawab penuh atas kurikulum Madrasah Diniyah Takmiliyah di tingkat Ula, Wustho, dan Ulya. |
| Kepala Program MAKTUBA | Mengelola jalannya metode akselerasi Maktab Nubdzatul Bayan. |
| Kepala Tahfidz | Mengoordinasi program hafalan Al-Qur’an serta kegiatan Ziyadah dan Murajaah. |
| Kepala TPQ | Mengoordinasi program belajar membaca Al-Qur’an sejak dasar. |